Это можно сделать двумя способами.

Если вы используете ПО ФОРОС-Мастер, то установите носитель, выберите его в поле слева и выберите закладку «Общие». Для носителя ФКН в поле «Установленные приложения для» будет соответствующая запись.

Если вы используете приложение «Инструменты КриптоПро», то в левой колонке внизу нажмите на «Показать расширенные». В данной колонке появится опция «Управление носителями». В поле «Выберите считыватель» необходимо выбрать соответствующий носитель (обычно -  «Feitian SCR301»). Для носителя ФКН в поле «Выберите приложение» появится строка «smartpark_fkc_...». Для пассивного контейнера появится строка «MAGISTRA_...».